衣原体支原体对生殖系统的影响主要体现为，对男性来说影响产生精子的器官，对女性来说影响输送精子的器官，或者损伤卵子生活的器官。

　　男性生成精子的器官受到了衣原体支原体的攻击以后，能产生精子的腺体越来越少，所以产生的量也少，另外活力也会受到影响，这样会引起男性的不孕。 对女性来说，子宫内膜有炎症后，卵子不能正常的着床，不能在子宫里待住，就会出现流产、早产，如果引起输卵管的炎症，就会引起堵塞，卵子不能通过，就不能受孕。

　　衣原体支原体对生殖系统的影响还体现在对性生活质量的影响，例如性交疼、性交出血，就会妨碍性交快乐的程度，可能会导致恐惧感。